2026년 장기보유특별공제 계산법｜1주택자는 보유·거주기간을 따로 계산합니다

정보 제공 기준일: 2026년 10월 1일 기준

장기보유특별공제는 집을 오래 보유했다고 무조건 크게 받을 수 있는 공제가 아닙니다.

특히 1세대 1주택자는 보유기간과 거주기간을 각각 따로 계산하고, 두 공제율을 합산합니다. 반면 일반 부동산은 보유기간에 따라 공제율이 올라가며, 2026년 현재 조정대상지역의 다주택 중과 대상 주택은 장기보유특별공제를 적용받지 못할 수 있습니다. 법제처

또 1세대 1주택 특례 공제를 받으려면 단순히 한 채만 갖고 있는 것으로 끝나지 않습니다. 현행 시행령상 장기보유특별공제 특례 대상 1세대 1주택은 양도일 현재 국내 1주택을 보유하고, 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다. 법제처

이번 글에서는 일반 장기보유특별공제와 1세대 1주택 공제의 차이, 보유기간·거주기간별 공제율, 그리고 15억 원 주택을 매도할 때 실제로 어떻게 계산되는지까지 단계별로 살펴봅니다.

장기보유특별공제는 일반주택과 1세대 1주택이 어떻게 다를까?

장기보유특별공제는 부동산을 장기간 보유한 경우 양도차익의 일정 부분을 공제해 과세 대상 금액을 줄여주는 제도입니다.

하지만 모든 부동산에 같은 공제율을 적용하는 것은 아닙니다.

현행 소득세법 제95조는 일반 부동산과 대통령령에서 정한 1세대 1주택에 서로 다른 공제표를 적용합니다. 일반 자산은 원칙적으로 3년 이상 보유해야 장기보유특별공제를 적용할 수 있고, 3년 이상 4년 미만은 6%, 이후 매년 2%포인트씩 증가해 15년 이상이면 최대 30%입니다. 법제처

1세대 1주택 특례는 구조가 다릅니다.

보유기간 공제와 거주기간 공제를 각각 계산해 합산합니다. 현행 법의 표2에 따르면 보유기간은 3년 이상부터 공제가 시작되고 10년 이상 보유하면 보유분 최대 40%를 적용할 수 있습니다. 거주기간도 2년 이상부터 공제가 시작되며, 10년 이상 거주하면 거주분 최대 40%입니다. 따라서 요건을 충족한 1세대 1주택은 두 공제를 합해 **최대 80%**까지 가능할 수 있습니다. 법제처

핵심 차이는 다음과 같습니다.

구분일반 장기보유특별공제1세대 1주택 특례

적용 시작	3년 이상 보유	보유 3년 이상 + 거주요건 확인
보유 공제	연 2% 수준	연 4% 수준
거주 공제	없음	연 4% 수준
최대 공제율	30%	보유 40% + 거주 40% = 최대 80%
최대 적용기간	15년	보유·거주 각각 10년

여기서 흔한 오해가 있습니다.

“10년 보유하면 자동으로 80% 공제받는다”는 것은 틀립니다.

예를 들어 10년 보유했지만 실제 거주기간이 2년이라면 보유공제 40%와 거주공제 8%를 합산하는 구조가 됩니다.

즉,

보유 10년 → 40%

거주 2년 → 8%

합계 → 48%

가 됩니다.

반대로 10년 보유하고 실제로 10년 거주했다면,

보유 40% + 거주 40% = 80%

까지 가능할 수 있습니다. 법제처

또 장기보유특별공제의 1세대 1주택 특례는 아무 1주택자에게 자동 적용되는 것이 아닙니다.

시행령 제159조의4는 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고, 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 주택을 대상으로 규정하고 있습니다. 법제처

따라서 1주택이지만 거주기간이 부족하다면 일반적으로 생각하는 1세대 1주택 장기보유특별공제 표2를 적용할 수 있는지부터 다시 확인해야 합니다.

이 부분은 이전에 작성한 1세대 1주택 양도소득세 비과세 글과 연결해서 보는 것이 좋습니다.

비과세 요건과 장기보유특별공제 요건은 서로 관련이 있지만 완전히 같은 개념은 아니기 때문입니다.

보유기간과 거주기간별 공제율은 실제로 어떻게 계산할까?

1세대 1주택 장기보유특별공제는 보유기간과 거주기간을 각각 따로 계산합니다.

2026년 현재 적용되는 공제율은 다음과 같이 정리할 수 있습니다. 법제처

기간보유 공제율거주 공제율

2년 이상 3년 미만	-	8%*
3년 이상 4년 미만	12%	12%
4년 이상 5년 미만	16%	16%
5년 이상 6년 미만	20%	20%
6년 이상 7년 미만	24%	24%
7년 이상 8년 미만	28%	28%
8년 이상 9년 미만	32%	32%
9년 이상 10년 미만	36%	36%
10년 이상	40%	40%

* 거주기간 2년 이상 3년 미만 공제는 보유기간이 3년 이상인 경우에 적용되는 구조입니다. 법제처

예를 들어 8년 보유하고 5년 거주한 1세대 1주택이라고 가정해 보겠습니다.

• 보유기간 8년 → 32%
• 거주기간 5년 → 20%

따라서 총 공제율은,

32% + 20% = 52%

입니다.

양도차익 중 장기보유특별공제 적용 대상 금액이 2억 원이라면,

2억 원 × 52% = 1억400만 원

을 장기보유특별공제로 차감하는 구조입니다.

반면 같은 주택을 8년 보유하면서 8년 거주했다면,

32% + 32% = 64%

가 됩니다.

즉 거주기간이 길수록 공제율 차이가 상당히 커질 수 있습니다.

다음 사례를 보면 차이가 더 명확합니다.

사례 A: 10년 보유·2년 거주

• 보유공제: 40%
• 거주공제: 8%
• 합계: 48%

사례 B: 10년 보유·5년 거주

• 보유공제: 40%
• 거주공제: 20%
• 합계: 60%

사례 C: 10년 보유·10년 거주

• 보유공제: 40%
• 거주공제: 40%
• 합계: 80%

같은 10년 보유 주택이라도 실제 거주기간에 따라 공제율이 48%, 60%, 80%로 크게 달라질 수 있습니다.

이 때문에 “몇 년 보유했느냐”만 확인하지 말고 실제 거주기간을 정확한 날짜로 계산하는 것이 중요합니다.

거주기간은 해당 주택을 취득한 뒤 양도할 때까지의 보유기간 중 실제 거주한 기간을 의미합니다. 대법원도 2026년 1월 판결에서 장기보유특별공제의 거주기간은 해당 주택 취득일부터 양도일까지의 보유기간 중 실제 거주한 기간이라고 판단했습니다. 이 기준은 상속으로 취득한 경우에도 동일하게 적용된다고 보았습니다. 법제처

따라서 취득 이전 가족이 거주했던 기간이나 소유하기 전 거주기간까지 포함된다고 생각하면 안 됩니다.

실제 신고 시에는 주민등록초본 등으로 전입·전출 기록을 확인해 두는 것이 좋습니다.

15억 원 1주택을 팔면 장기보유특별공제로 세금이 얼마나 줄어들까?

장기보유특별공제의 효과는 실제 숫자로 보면 이해하기 쉽습니다.

앞서 작성한 1세대 1주택 비과세 글에서 설명했듯이 양도가액이 12억 원을 초과하는 고가 1주택은 비과세 요건을 충족해도 12억 원 초과분에 해당하는 양도차익이 과세 대상이 될 수 있습니다.

여기서는 장기보유특별공제가 어떤 역할을 하는지에 집중해 계산해 보겠습니다.

다음 조건을 가정합니다.

• 취득가액: 8억 원
• 양도가액: 15억 원
• 필요경비: 3천만 원
• 1세대 1주택 요건 충족
• 보유기간: 10년
• 실제 거주기간: 5년

먼저 전체 양도차익을 계산합니다.

15억 원 - 8억 원 - 3천만 원 = 6억7천만 원

1세대 1주택 고가주택에서는 12억 원 초과분에 해당하는 양도차익을 계산해야 합니다.

12억 원 초과비율은,

(15억 - 12억) ÷ 15억 = 20%

입니다.

따라서 단순화한 과세대상 양도차익은,

6억7천만 원 × 20% = 1억3,400만 원

입니다.

이제 장기보유특별공제를 계산합니다.

10년 보유했으므로 보유공제는 40%.

5년 거주했으므로 거주공제는 20%.

총 공제율은,

40% + 20% = 60%

입니다.

장기보유특별공제액은,

1억3,400만 원 × 60% = 8,040만 원

입니다.

따라서 장기보유특별공제 후 남는 금액은,

1억3,400만 원 - 8,040만 원 = 5,360만 원

입니다.

여기에서 다시 양도소득기본공제와 세율 등을 적용해 최종 양도소득세를 계산합니다.

같은 조건에서 10년을 모두 거주했다면 어떻게 될까요?

공제율은 최대 80%가 됩니다.

1억3,400만 원 × 80% = 1억720만 원

장기보유특별공제 후 금액은,

1억3,400만 원 - 1억720만 원 = 2,680만 원

입니다.

즉 같은 집을 10년 보유하더라도,

• 5년 거주 → 공제 후 5,360만 원
• 10년 거주 → 공제 후 2,680만 원

으로 차이가 날 수 있습니다.

물론 이것은 공제 구조를 이해하기 위한 단순화 사례이며 실제 신고에서는 취득가액, 필요경비, 양도가액, 정확한 보유·거주기간, 다른 공제 여부를 함께 반영해야 합니다.

주의할 점도 있습니다.

첫째, 조정대상지역 다주택 중과 대상 주택은 2026년 중과 유예 종료 이후 장기보유특별공제를 적용받지 못할 수 있습니다. 국세청도 중과 적용 시 장기보유특별공제를 적용받을 수 없다고 안내하고 있습니다. 국세청

둘째, 미등기 양도자산 등은 일반 장기보유특별공제 대상에서 제외될 수 있습니다. 법제처

셋째, 보유기간과 거주기간은 대략적인 연수로 계산하지 말고 정확한 취득일·양도일·전입일·전출일을 기준으로 확인해야 합니다.

실제로 매도를 준비한다면 다음 순서로 확인하는 것이 좋습니다.

1. 등기사항증명서에서 취득일 확인
2. 주민등록초본에서 전입·전출일 확인
3. 양도 예정일 기준 보유기간 계산
4. 실제 거주기간 계산
5. 1세대 1주택 특례 대상 여부 확인
6. 양도가액 12억 원 초과 여부 확인
7. 취득가액·필요경비 증빙 정리
8. 홈택스에서 예상 양도세 계산

국세청은 홈택스에서 모의계산 → 양도소득세 자동계산 서비스를 제공하고 있습니다. PC에서는 홈택스의 양도소득세 모의계산을 이용할 수 있고, 모바일 손택스에서도 양도소득세 간편 모의계산이 가능합니다. 국세청

양도소득세 관련 일반 상담은 국세상담센터 국번 없이 126을 이용할 수 있습니다. 국세청

결론

첫째, 장기보유특별공제는 오래 보유했다고 자동으로 최대 공제를 받는 제도가 아닙니다.

일반 부동산은 최대 30% 구조이고, 요건을 충족한 1세대 1주택은 보유기간 최대 40%와 거주기간 최대 40%를 합해 최대 80%까지 적용될 수 있습니다. 법제처

둘째, 1세대 1주택에서는 보유기간과 거주기간을 반드시 따로 계산해야 합니다.

10년 보유했더라도 2년만 거주했다면 80%가 아니라 보유 40%와 거주 8%를 합산하는 구조입니다.

셋째, 매도 전에는 주민등록초본과 취득 관련 서류를 준비해 실제 보유·거주기간을 정확히 계산하는 것이 중요합니다.

특히 12억 원을 초과하는 1세대 1주택이나 조정대상지역 다주택자는 세액 차이가 커질 수 있으므로, 계약 전에 홈택스 모의계산을 먼저 해보는 것이 좋습니다.

참고자료

• 국가법령정보센터 「소득세법」 제95조 양도소득금액과 장기보유특별공제액 법제처
• 국가법령정보센터 「소득세법 시행령」 제159조의4 장기보유특별공제 법제처
• 대법원 2026. 1. 15. 선고 2025두34935 판결 법제처
• 국세청 「양도소득세 중과유예 종료, 신고·상담 지원」 및 홈택스 모의계산 안내 국세청