2026년 다주택자 종부세 계산법｜2주택·3주택 이상 세율·9억 공제 기준

정보 제공 기준일: 2026년 9월 29일 기준

과세기준일: 매년 6월 1일
종합부동산세 납부기간: 매년 12월 1일~12월 15일

2026년 다주택자 종부세를 검색하는 분들이 가장 궁금해하는 것은 “2주택이면 종부세율이 바로 올라가는가?”, “3주택부터 무조건 높은 세율이 적용되는가?”, “여러 채의 공시가격을 각각 계산하는가, 합쳐서 계산하는가?”입니다.

결론부터 말하면 개인 다주택자의 주택분 종부세는 전국에 보유한 주택의 공시가격을 합산한 뒤 기본공제 9억 원을 차감하고, 공정시장가액비율 60%를 적용해 과세표준을 계산합니다.

또한 2주택 이하와 3주택 이상의 세율이 모든 구간에서 처음부터 다른 것은 아닙니다.

과세표준이 낮은 구간에서는 세율이 같고, 과세표준이 높아질수록 3주택 이상 보유자의 세율이 더 높아지는 구조입니다.

이번 글에서는 첫째 다주택자 종부세 9억 원 기본공제와 과세표준 계산법, 둘째 2주택과 3주택 이상 세율 차이와 실제 계산 사례, 셋째 주택 수 판단과 합산배제·세부담상한·납부 시 주의사항을 정리합니다.

2026년 다주택자 종부세는 9억 원 공제 후 어떻게 계산할까?

다주택자의 종합부동산세를 계산할 때 가장 먼저 알아야 할 것은 주택마다 종부세를 따로 계산하는 것이 아니라 개인이 전국에 보유한 주택의 공시가격을 합산한다는 점입니다.

다주택자의 주택분 종부세 과세표준은 다음과 같은 구조로 계산합니다.

주택분 과세표준 = (전국 주택 공시가격 합계 - 기본공제액) × 공정시장가액비율 60%

일반 개인의 기본공제액은 9억 원입니다.

반면 일정 요건을 충족하는 1세대 1주택자는 12억 원 기본공제가 적용됩니다.

따라서 2주택이나 3주택 이상을 보유한 일반 개인은 원칙적으로 9억 원 기본공제를 기준으로 계산하게 됩니다.

예를 들어 A아파트 공시가격이 10억 원이고 B아파트 공시가격이 8억 원이라고 가정해 보겠습니다.

먼저 두 주택의 공시가격을 합산합니다.

10억 원 + 8억 원 = 18억 원

여기서 기본공제 9억 원을 차감합니다.

18억 원 - 9억 원 = 9억 원

다음으로 공정시장가액비율 60%를 적용합니다.

9억 원 × 60% = 5억 4,000만 원

따라서 이 사례의 종부세 과세표준은 5억 4,000만 원입니다.

구분금액

A주택 공시가격	10억 원
B주택 공시가격	8억 원
공시가격 합계	18억 원
기본공제	9억 원
공제 후 금액	9억 원
공정시장가액비율	60%
종부세 과세표준	5억 4,000만 원

여기서 중요한 점은 아파트의 실제 매매가격이나 호가를 그대로 사용하는 것이 아니라 공시가격을 기준으로 계산한다는 것입니다.

예를 들어 두 주택의 실제 시세가 합계 25억 원이라고 해도 두 주택의 공시가격 합계가 18억 원이라면 종부세 계산의 출발점은 18억 원입니다.

또한 종부세의 과세기준일은 매년 6월 1일입니다.

따라서 6월 1일 현재 어떤 주택을 보유하고 있는지가 해당 연도의 종부세 주택 수와 과세대상 판단에 중요합니다.

예를 들어 5월 중 한 주택을 매도해 6월 1일 현재 보유 주택 수가 줄어들었다면 해당 연도의 종부세 계산에도 영향을 줄 수 있습니다.

반대로 6월 1일 전에 새 주택을 취득했다면 그 주택도 종부세 주택 수 판단에 포함될 수 있습니다.

따라서 다주택자의 종부세 계산은 다음 순서로 확인하는 것이 좋습니다.

6월 1일 보유 주택 확인 → 각 주택 공시가격 확인 → 전국 공시가격 합산 → 9억 원 기본공제 → 공정시장가액비율 60% 적용 → 주택 수별 세율 적용

단순히 “나는 2주택이니까 몇 %”라고 생각하기보다 과세표준을 먼저 계산하는 것이 중요합니다.

2주택과 3주택 이상 종부세율은 얼마나 차이 날까?

2026년 개인 주택분 종부세율은 과세표준과 보유 주택 수에 따라 달라집니다.

다만 3주택자가 됐다고 해서 전체 과세표준에 곧바로 최고세율이 적용되는 것은 아닙니다.

종부세는 누진세 구조이기 때문에 구간별로 세율이 다르게 적용됩니다.

기본적인 세율 구조를 비교하면 다음과 같습니다.

과세표준2주택 이하3주택 이상

3억 원 이하	0.5%	0.5%
3억 초과~6억 원 이하	0.7%	0.7%
6억 초과~12억 원 이하	1.0%	1.0%
12억 초과~25억 원 이하	1.3%	2.0%
25억 초과~50억 원 이하	1.5%	3.0%
50억 초과~94억 원 이하	2.0%	4.0%
94억 원 초과	2.7%	5.0%

이 표에서 중요한 부분은 과세표준 12억 원 이하에서는 2주택 이하와 3주택 이상의 세율이 동일하다는 것입니다.

따라서 3주택이라고 해서 무조건 처음부터 더 높은 세율이 적용되는 것은 아닙니다.

세율 차이는 과세표준이 12억 원을 초과하면서 커지기 시작합니다.

먼저 2주택 사례를 보겠습니다.

두 주택의 공시가격 합계가 18억 원이라고 가정하겠습니다.

앞에서 계산한 것처럼 과세표준은,

(18억 원 - 9억 원) × 60% = 5억 4,000만 원

입니다.

3억 원까지는 0.5%가 적용됩니다.

3억 원 × 0.5% = 150만 원

나머지 2억 4,000만 원에는 0.7%가 적용됩니다.

2억 4,000만 원 × 0.7% = 168만 원

따라서 단순 계산한 종부세 산출세액은,

150만 원 + 168만 원 = 318만 원

입니다.

다만 이 금액이 실제 최종 납부세액은 아닙니다.

실제 종부세에서는 재산세 중복분 공제와 세부담상한 등이 추가로 반영될 수 있습니다.

이번에는 3주택자의 공시가격 합계가 30억 원이라고 가정해 보겠습니다.

먼저 기본공제를 적용합니다.

30억 원 - 9억 원 = 21억 원

공정시장가액비율 60%를 적용하면,

21억 원 × 60% = 12억 6,000만 원

이제 3주택 이상 세율을 누진 적용합니다.

3억 원까지는 0.5%:

3억 원 × 0.5% = 150만 원

3억 원 초과~6억 원까지는 0.7%:

3억 원 × 0.7% = 210만 원

6억 원 초과~12억 원까지는 1.0%:

6억 원 × 1.0% = 600만 원

12억 원을 초과한 6,000만 원에는 2.0%:

6,000만 원 × 2.0% = 120만 원

이를 모두 합치면,

150만 원 + 210만 원 + 600만 원 + 120만 원 = 1,080만 원

입니다.

따라서 단순 산출세액은 약 1,080만 원으로 계산됩니다.

다시 강조하지만 이 금액은 세액공제나 재산세 공제 등을 적용하기 전의 단순 계산 사례입니다.

실제 종부세 고지액과는 차이가 있을 수 있습니다.

다주택자의 종부세에서 중요한 것은 단순히 주택 수만 보는 것이 아니라 공시가격 합계와 최종 과세표준이 어느 구간에 들어가는지 확인하는 것입니다.

특히 3주택 이상 보유자는 과세표준이 12억 원을 초과하면서 2주택 이하와 세율 차이가 커지기 시작합니다.

다주택자 종부세에서 주택 수·합산배제·세부담상한을 주의해야 하는 이유

종부세에서 주택 수는 중요하지만 등기부상 보유한 모든 주택이 항상 동일하게 종부세 과세표준에 포함되는 것은 아닙니다.

일정한 요건을 충족하는 임대주택, 사원용 주택, 미분양주택 등은 합산배제 대상이 될 수 있습니다.

합산배제 대상으로 인정되면 해당 주택의 공시가격을 종부세 과세표준 계산에서 제외할 수 있습니다.

따라서 실제로 주택을 여러 채 보유하고 있어도 합산배제 요건을 충족하는 주택이 있다면 단순 공시가격 합계와 실제 종부세 과세표준이 달라질 수 있습니다.

상속주택이나 일정한 특례주택 역시 주택 수 판단에서 별도의 규정이 적용될 수 있습니다.

따라서 “등기상 3주택이니까 무조건 3주택 중과세율이 적용된다”고 단정해서는 안 됩니다.

해당 주택이 합산배제 또는 주택 수 특례 대상인지 함께 확인해야 합니다.

또 다주택자와 1세대 1주택자의 큰 차이 중 하나가 고령자·장기보유 세액공제입니다.

1세대 1주택자는 연령과 보유기간에 따라 세액공제를 받을 수 있고 두 공제를 합쳐 최대 80%까지 적용될 수 있습니다.

그러나 일반적인 다주택자에게 동일한 1세대 1주택자용 고령자·장기보유 세액공제가 자동으로 적용되는 것은 아닙니다.

예를 들어 만 70세 이상이고 한 주택을 20년 이상 보유했더라도 1세대 1주택자 요건을 충족하지 않는 일반 다주택자라면 단순히 최대 80% 공제를 받을 수 있다고 계산해서는 안 됩니다.

세부담상한도 확인해야 합니다.

종부세는 공시가격 상승 등으로 세부담이 지나치게 급증하는 것을 완화하기 위해 일정한 세부담상한 제도를 두고 있습니다.

따라서 공시가격과 과세표준이 크게 상승하더라도 실제 세부담이 단순 계산만큼 그대로 증가하지 않을 수 있습니다.

또 종부세 고지금액이 큰 경우에는 분납 제도를 활용할 수 있습니다.

납부할 종부세가 일정 금액을 초과하면 일부 금액을 납부기한 이후 일정 기간 안에 나누어 납부할 수 있습니다.

종부세 납부기간은 매년 12월 1일부터 12월 15일까지입니다.

따라서 고지서를 받은 뒤 세액이 크다면 분납 가능 여부도 함께 확인하는 것이 좋습니다.

다주택자가 실제 종부세를 확인할 때는 다음 순서로 체크하면 됩니다.

1. 6월 1일 현재 보유한 주택 확인
2. 각 주택의 공시가격 확인
3. 합산배제 대상 여부 확인
4. 상속주택 등 과세특례 여부 확인
5. 전국 주택 공시가격 합산
6. 기본공제 9억 원 적용
7. 공정시장가액비율 60% 적용
8. 2주택 이하 또는 3주택 이상 세율 적용
9. 재산세 공제와 세부담상한 확인
10. 홈택스 예상세액과 실제 고지내용 확인

특히 “3주택이면 종부세가 무조건 5%”라고 이해해서는 안 됩니다.

5%는 3주택 이상 개인의 과세표준 94억 원 초과 부분에 적용되는 최고구간 세율입니다.

3주택자라도 과세표준이 낮다면 0.5%, 0.7%, 1.0% 등의 낮은 세율 구간부터 순차적으로 적용됩니다.

결론

첫째, 2026년 일반 개인 다주택자의 종부세 기본공제는 9억 원입니다.

전국에 보유한 주택의 공시가격을 합산한 뒤 9억 원을 공제하고 남은 금액에 공정시장가액비율 60%를 적용해 과세표준을 계산합니다.

둘째, 2주택 이하와 3주택 이상의 세율은 과세표준이 낮은 구간에서는 동일하고, 과세표준 12억 원을 초과하면서 차이가 커집니다.

3주택 이상이라고 해서 전체 과세표준에 5%를 바로 적용하는 것은 아닙니다.

셋째, 종부세는 단순 주택 수만으로 계산하면 안 됩니다.

합산배제 주택, 상속주택 등 과세특례, 재산세 공제, 세부담상한 등을 함께 확인해야 실제 납부세액을 제대로 계산할 수 있습니다.

다주택자라면 먼저 각 주택의 공시가격을 확인한 뒤 다음 순서로 계산하면 됩니다.

공시가격 합산 → 9억 원 공제 → 60% 적용 → 과세표준 계산 → 주택 수별 세율 적용 → 재산세 공제·세부담상한 확인

마지막으로 홈택스에서 종합부동산세 예상세액을 다시 확인하면 실제 세금계획을 세우는 데 도움이 됩니다.

참고자료

• 국가법령정보센터 「종합부동산세법」
• 국가법령정보센터 「종합부동산세법 시행령」
• 국세청 종합부동산세 안내
• 국세청 종합부동산세 합산배제·과세특례 안내
• 국세청 홈택스 종합부동산세 관련 서비스
• 국토교통부 부동산공시가격알리미